Auch das letzte Schuljahr ist für Harry, Ron und Hermine nicht weniger aufregend, wie die Jahre zuvor - auch wenn das Trio nicht nach Hogwarts zurückkehrt ... Lord Voldemort plant mit seinen Todessern (darunter Yaxley und Dolohow) im Haus der Malfoys, wie Harry getötet werden soll. Severus Snape berichtet Voldemort, dass der Orden des Phönix plant, Harry am Samstag zu einem Ordensmitglied zu bringen, denn der Schutz vom Haus der Dursleys für Harry endet an seinem 17. Geburtstag. Lucius Malfoy muss seinen Zauberstab Voldemort überlassen, weil dieser aufgrund der Erfahrungen beim Trimagischen Turnier glaubt, dass er einen anderen Zauberstab benötigt, um Harry zu töten. Voldemort gelingt es jedoch nicht, Harry zu ermorden und der ganze Abhohltrupp bis auf Mad-Eye-Moody erreichen lebend den Fuchsbau. Vor seiner spektakulären Abreise aus dem Haus der Dursleys erfährt Harry aus dem Tagespropheten interessantes aus Dumbledores Jugendzeit, worüber Harry geschockt ist.

An Harrys Geburtstag besucht sie der Zaubereiminister Rufus Scrimgeour, um ihnen Erbstücke von Dumbledore zu übergeben: Ron erhält einen Deluminator (von dem bereits im ersten Band die Rede ist), Hermine bekommt das Buch Die Märchen von Beedle dem Barden (siehe Sekundärliteratur) und Harry den Schnatz, den er in seinem ersten Quidditch Spiel in Hogwarts gefangen hat. Außerdem hinterlässt Dumbledore Harry das Schwert von Godric Gryffindor, welches ihm der Zaubereiminister jedoch verweigert. Noch wissen die Drei nicht, wofür die Geschenke nützlich sein können.

Bei der darauf folgenden Hochzeit von Bill Weasley und Fleur Delacour gibt es erneut einen Zwischenfall: Rufus Scrimgeour ist ermordet worden und Voldemort hat mittels Pius Thicknesse als neuen Zaubereiminister die Macht quasi schon übernommen. Die Ordensmitglieder müssen sich in Sicherheit bringen und auch Harry, Hermine und Ron können im letzten Moment disapparieren und sich letztendlich zu ihrem neuen Hauptquartier Grimmauldplatz Nummer 12 retten. Dort erfahren sie die Identität von R.A.B. - es handelt sich um Sirius' Bruder Regulus Arcturus Black.

Vom Hauselfen Kreacher erfahren sie, dass der von Regulus Black aus Voldemorts Versteck entfernte Horkrux von Mundungus Fletcher aus dem Haus gestohlen worden ist und nun im Besitz von Dolores Umbridge, die schreckliche Verteidigung gegen die dunklen Künste-Lehrerin im fünften Band, ist. Harry, Hermine und Ron spähen das Zaubereiministerium einen Monat lang aus, ehe es ihnen mit Hilfe des Vielsaft-Tranks gelingt, in das Ministerium einzudringen. Im Ministerium wird das Trio getrennt, dennoch gelingt es Harry und Hermine, Umbridge den Horkrux (Medaillon) zu entwenden. Bei ihrem Rückzug in ihr bisheriges Versteck, den Grimmauldplatz 12, wird dieser entdeckt. Deshalb sind sie ab jetzt gezwungen, ständig an anderen Orten in einem Zelt zu übernachten. Da es Harry bisher nicht gelungen ist, das Medaillon zu zerstören, entschließt er sich, das Schwert (mit dem Dumbledore bereits einen Horkrux, Gaunts Ring, zerstört hat) zu finden. Zusammen mit Hermine besucht er seinen Geburtsort Godric's Hollow, denn Ron hat die beiden nach einem Streit verlassen. Doch die beiden geraten in eine Falle von Voldemort, in dem Harrys Zauberstab zerbricht und nicht mehr reparierbar ist. Glücklicherweise schaffen sie es vor Voldemort zu fliehen und zu disapparieren. Harry gerät dabei in eine Art Delirium, in dem er aus der Sicht Voldemorts erfährt, was am 31.10. vor 16 Jahren passiert ist.

Eines Nachts einige Tage später weist ein Patronus, eine Hirschkuh Harry zu einem zugefrorenen Teich in einem Wald. Darin liegt das Schwert von Gryffindor. Harry taucht in das eiskalte Wasser und versucht mit dem Schwert aufzutauchen, doch die Kette des Slytherin Medaillons um seinen Hals zieht sich zusammen und erwürgt ihn fast. Er wird bewusstlos. Als er wieder zu sich kommt, ist Ron bei ihm, der ihn gerettet hat. Er hatte die beiden mit Hilfe des Deluminators von Dumbledore wieder gefunden. Ron zerstört mit dem Schwert den Horkrux und versöhnt sich wieder mit Harry und Hermine.

Ron, Harry und Hermine suchen Lunas Vater, Xenophilius Lovegood, auf, um ihn zu einem Symbol zu befragen, das er auf der Hochzeit von Bill und Fleur getragen hat. Laut Viktor Krum steht es mit dem Schwarzmagier Gellert Grindelwald in Verbindung. Xenophilius Lovegood verweist auf ein altes Märchen von Beedle den Barden, welches Hermine von Dumbledore erhalten hat. In dem Märchen geht es um die Unsterblichkeit: Es kommt ein Zauberstab vor, der mächtiger ist als alle anderen, der sogenannte Elderstab. Außerdem ist von einem so genannten Stein der Auferstehung und einem Tarnumhang die Rede - zusammen sind dies die Heiligtümer des Todes. Und Harry scheint eines der Heiligtümer zu besitzen: Den Tarnumhang, den er von seinem Vater geerbt hat. Im Haus der Lovegoods werden sie erneut von Todessern angegriffen - doch auch diesmal gelingt ihnen wieder die Flucht.

Kurze Zeit später jedoch werden sie von so genannten Greifern gefangen genommen und zum Haus der Malfoys gebracht. Warum? Harry hat den Namen Voldemort ausgesprochen, doch der ist zum Tabu erklärt worden, was zur sofortigen Entdeckung führt.

Bellatrix Lestrange erkennt das Schwert von Godric Gryffindor und gerät in Panik - das Schwert sollte sicher in ihrem Verlies in Gringotts, der Zaubererbank, liegen. Hermine wird daraufhin unter Folter verhört und Ron und Harry in den Keller gesperrt. Dort treffen sie auf Ollivander, den Zauberstabhersteller, und Luna Lovegood. Doch Rettung naht: Dobby erscheint im Verlies und verhilft ihnen zur Flucht. Dobby bringt das Trio zu Fleurs und Bills neuem Haus, dabei wird Dobby jedoch von Bellatrix Lestrange durch ein geschleudertes Messer getötet. Harry begräbt ihn auf dem Grundstück von Bill und kommt langsam hinter die Zusammenhänge zwischen Dumbledore, Voldemort, die Horkruxe und die Heiligtümer des Todes. Außerdem benutzt Harry nun Dracos Zauberstab, nachdem Draco im Duell entwaffnet wurde.

Die drei vermuten aufgrund der panischen Reaktion von Bellatrix, dass sich in ihrem Verlies in Gringotts ein weiterer Horkrux befindet. Zusammen mit Griphook, der früher in Gringotts gearbeitet hat, brechen sie dort ein und können dabei unter großer Gefahr den nächsten Horkrux, den Kelch von Helga Hufflepuff, stehlen. Auf dem Rücken eines Drachen, der die Verliese der Bank bewacht, können sie fliehen.

Da Harry durch seine Verbindung mit Voldemorts Seele die Gedanken von Voldemort lesen kann (die Okklumentikstunden im fünften Schuljahr mit Snape haben wenig gebracht), findet er heraus, dass Voldemort den Elderstab inzwischen besitzt und dass sich der letzte Horkrux in Hogwarts befindet. Voldemort weiß inzwischen auf Grund des Einbruchs bei Gringotts, dass Harry, Ron und Hermine auf der Suche nach den Horkruxen sind - ihnen bleibt nicht mehr viel Zeit, den Horkrux in Hogwarts zu finden und zu zerstören. Da Griphook das Schwert von Gryffindor gestohlen hat, benötigen sie außerdem etwas anderes, was die drei letzten Horkruxe überhaupt zerstören kann. In Hogsmeade werden die Drei erneut von Todessern entdeckt, doch sie werden von Dumbledores Bruder Aberforth, dem Wirt des Eberkopfes, gerettet. Sie erfahren, dass er Dobby zu ihrer Rettung aus dem Haus der Malfoys geschickt hat. Aberforth zeigt ihnen den einzigen unbewachten Weg nach Hogwarts, einen Geheimgang von seinem Pub in den Raum der Wünsche. Dort treffen sie auf viele Mitglieder von Dumbledores Armee (DA), die Harry einst gegründet hatte.

Harry und Luna suchen im Gemeinschaftsraum der Ravenclaws nach Information über das Diadem von Rowena Ravenclaw - der letzte Horkrux. Doch sie werden entdeckt. McGonagall schafft es schließlich die Schule unter die Gewalt des Ordens zu bringen, während Voldemort vor der Schule seine Truppen aufziehen lässt. Die Lehrer und die DA organisieren die Evakuierung der Schüler und die Verteidigung von Hogwarts. Unter der Leitung von McGonagall bleiben die Lehrkräfte sowie einige Schülerinnen und Schüler der höheren Klassen im Schloss zurück, um den Orden bei der Verteidigung zu unterstützen. Voldemort stellt ein Ultimatum: Wenn Harry sich ausliefert, werden alle anderen verschont. Doch es kommt zum Kampf, während Harry sich auf die Suche nach dem letzten Horkrux macht. In der Zwischenzeit sind Ron und Hermine in die Kammer des Schreckens gegangen (um die Kammer zu öffnen, hat sich Ron die Parselsprache von Harry "abgeschaut"), um Zähne des getöteten Basilisken zu holen - dies gelingt. Die Zähne können Horkruxe vernichten - sie durchbohren den Kelch Hufflepuffs. Somit sind nun vier der sechs Horkruxe zerstört.

Im Raum der Wünsche sucht Harry mit seinen zwei Freunden nach dem Horkrux, doch dort werden sie von Draco, Crabbe und Goyle aufgehalten. Crabbe brennt den Raum mit einem Dämonsfeuer-Zauber vollständig aus. Dabei wird auch der Horkrux, das Diadem von Ravenclaw, vernichtet. Crabbe stirbt im Feuer, der Rest kann sich retten. Als Horkrux bleibt nun nur noch Voldemorts Schlange Nagini übrig. Fred, Rons Bruder, ist in der Schlacht mit den Todessern gestorben. Das Ausmaß der Schlacht ist gewaltig: Außer Fred sind auch Tonks, Lupin und noch 50 andere Leute getötet worden.

Harry erfährt durch Voldemorts Gedanken, dass sich Nagini in der Heulenden Hütte aufhält. Harry, Ron und Hermine machen sich auf den Weg und Harry belauscht ein interessantes Gespräch zwischen Voldemort und Snape, in dem es um den Elderstab geht. Danach tötet Voldemort mit Hilfe von Nagini Snape und verlässt die Hütte. Er stellt erneut ein Ultimatum: Harry soll in einer Stunde zum Duell mit ihm im Verbotenen Wald erscheinen. Kurz vor seinem Tod überreicht Snape Harry einige seiner Gedanken, die dieser mit Hilfe des Denkariums in Dumbledores Büro liest. Harry erfährt, dass Snape von Anfang an Dumbledores Doppelagent und ihm immer treu war - auch Dumbledores Tod geschah auf dessen Wunsch hin. Außerdem erfährt er, dass Snape auch die Patronus-Hirschkuh gesandt und dass er Lily geliebt hat. Er erfährt auch, dass er seit der Ermordung seiner Eltern durch Voldemort einen Teil von Voldemorts Seele in sich trägt, der nur vernichtet werden kann, wenn Harry sich von Voldemort töten lässt. Harry beschließt, sich zu opfern und eilt zum Wald. Er öffnet den Schnatz, den Dumbledore ihm vererbt hatte. Darin findet er den zerstörten Horkrux-Ring mit dem Stein der Auferstehung, mit dem er Schatten seiner Eltern, von Sirius und Lupin herbeiruft, die ihm Mut machen. Harry leistet keine Gegenwehr, als Voldemort ihn mit dem Todesfluch belegt.

Doch er stirbt nicht so einfach, wie er dachte. Nein, er findet sich in einer großen Halle wieder, in der er Dumbledore trifft, der ihm erklärt, dass Harry nicht tot ist, weil ein Teil des Schutzes seiner Mutter auch in Voldemort lebt, seit dieser sein Blut zur Wiederauferstehung benutzt hat. Deshalb kann Harry nicht sterben, solange Voldemort lebt. Jetzt hat Harry die Wahl: Kämpfen oder Tod? Er entscheidet sich für zweiteres - zurück im Wald stellt sich Harry tot.

Voldemort foltert Harry mit dem Cruciatus-Fluch, was dieser merkwürdigerweise jedoch nicht spürt. Sein Körper wird von Hagrid zum Schloss getragen, welches die Verteidiger des Schlosses nicht aufgeben möchten. Überraschenderweise greifen nun Zentauren an, die sich bislang aus den Kämpfen heraus gehalten haben. Schnell versteckt sich Harry unter dem Tarnumhang und die Todesser fliehen ins Schloss. Neville tötet mit dem Schwert die Schlange Nagini. Damit ist der letzte Horkrux vernichtet. In den Kampf in der großen Halle greifen auch die Hauselfen ein - die Todesser werden nach und nach getötet oder fliehen. Voldemort und Bellatrix jedoch kämpfen tapfer weiter - bis Molly Weasley Bellatrix voller Hass tötet.

Harry legt den Tarnumhang ab, um Voldemort im entscheidenden Kampf gegenüber zu treten. Es kommt zum Showndown: Harry erklärt Voldemort, dass dieser nicht der Meister des Elderstabes ist. Und Harry gelingt es, Lord Voldemort, den schwärzesten Magier aller Zeiten, zu töten!

Im Epilog, der 19 Jahre später spielt, haben Harry und Ginny, sowie Ron und Hermine geheiratet. Harrys und Ginnys Kinder heißen James Sirius, Albus Severus und Lily Luna. Die Kinder von Ron und Hermine heißen Rose und Hugo. Am Beginn eines Schuljahres treffen sich alle am Hogwarts-Express. Während Lily noch zu jung ist, um nach Hogwarts mitzukommen, steigen die anderen in den Hogwarts Express, Albus Severus kommt in die erste Klasse. Im Bahnhof wird Harry von Draco gegrüßt, der seinen Sohn Scorpius begleitet.

Laut J. K. Rowling wurde der Epilog bereits bei der Entstehung von "Der Stein des Weisen" verfasst, vor der Veröffentlichung aber überarbeitet.